Lors d'un voyage en train, Sacha et Pikachu, accompagnés de leurs amis Iris et Rachid, aperçoivent un Pokémon blessé. Alors que Sacha tente de lui porter secours, le train est attaqué par un Pokémon légendaire de type dragon, le redoutable Kyurem. Sacha et ses compagnons parviennent à lui échapper. Une fois en sécurité, ils découvrent l'histoire du Pokémon blessé. Celui-ci n'est autre que le Pokémon fabuleux Keldeo, qui doit sauver ses amis Cobaltium, Terrakium et Viridium, trois Pokémon légendaires connus comme les Lames de la Justice, prisonniers de Kyurem. Mais Kyurem, qui peut se transformer en Kyurem Noir ou en Kyurem Blanc, n'a pas renoncé à avoir le dernier mot. Keldeo trouvera-t-il le courage d'affronter tous ces dangers ?....