Sakai, un professeur d'université libère et se retrouve possédé par les démons du Tonnerre et de la Foudre, qui veulent contrôler le monde. Le Bureau de Recherche et de Défense sur le Paranormal envoie alors Hellboy et son équipe pour enquêter. Mais lorsque Hellboy trouve le sabre des Tempêtes, il est transporté dans le monde du Japon traditionnel. Il y rencontre des Yōkai qui veulent lui prendre l'épée....