Saeko Nogami tente d'appréhender un suspect connu sous le nom de « Professeur », un dangereux criminel adepte du Black Talon, une arme aussi dangereuse qu'efficace, mais ce dernier parvient à lui échapper. Peu de temps après, la jeune vedette Miss Emi fait appel aux services de City Hunter pour retrouver son frère disparu il y a de cela treize années auparavant, mais elle finit par se trouver impliquée dans le conflit qui opposera Ryo Saeba et le Professeur qui détient toute la population de Shinjuku en otage et menace de faire exploser tout le quartier si le gouvernement ne lui cède pas un milliard de yen. Une véritable course contre la montre s'engage alors dont l'issue s'avère très incertaine..