Un nouvel ennemi menace l’humanité, asservissant ou détruisant toutes les planètes se trouvant sur sa route. L’histoire raconte le combat mené par l’équipage du Yamato pour empêcher le vaisseau spatial Gatlantis d’envahir la Terre. Cerné par les flottes du Gatlantis, le Yamato arrive toutefois à s’échapper et atteint une étrange planète….