Sur les rives escarpées d’un Japon fantasmagorique, un jeune garçon nommé Kubo vit dans une grotte, en haut d’une falaise. S’il a l’air d’un vagabond dépenaillé, il est pourtant aussi attentionné qu’intelligent et vit une existence modeste de conteur de rue. Jour après jour, il régale des histoires les plus folles, les habitants de ce petit village de pêcheurs, en les illustrant de personnages en origami qui prennent littéralement vie au son de son Shamisen (un instrument musical magique). Hosato, Hashi et Kameyo, sont ses spectateurs les plus fidèles. Le soir, le jeune garçon rejoint sa mère qui semble sombrer dans une mystérieuse transe entre le lever et le coucher du soleil..