Mars 2029. Dans un monde en phase de cybernétisation accélérée, les Etats souverains sont désormais dépassés par les flux d'informations et affaiblis par l'émergence de nombreux groupuscules se livrant une lutte de pouvoir effrénée. Le Premier Ministre du Japon est alors brutalement assassiné. Motoko Kusanagi, une cyborg d'élite à la tête de la Section 9, est chargée de découvrir la vérité. Une enquête très dangereuse sur les traces d'un cyber-virus d'une ampleur sans précédent l'emmènera à questionner ses origines ainsi que le rôle grandissant de la technologie dans un monde encore vulnérable...