Au crépuscule du 19e siècle, le Japon est traversé par une crise majeure qui signera la fin de l'époque d'Edo, l'ouverture du pays et le début de l'époque moderne. Les clans Satsuma et Chôshû s'allient pour renverser le shogunat des Tokugawa, au pouvoir depuis deux siècles, et aspirent à rétablir le régime impérial. Sur fond de luttes intestines, le Shinsengumi, un groupe de samouraïs resté loyal au shogun, se prépare à une guerre qui semble inévitable….