Le seigneur de guerre Oda Nobunaga a fait massacrer le clan de shinobi d’Iga. Désireux de ne laisser aucun survivant, il fait traquer tout ninja qui aurait réchappé à l’annihilation, tandis qu’il poursuit son ascension vers la tête du pays. C’est ainsi qu’Ishikawa Goemon, qui avait quitté Iga pour parti vivre avec son épouse Maki et leur fils Gohei, va devoir de nouveau prendre les armes contre le véhément seigneur de guerre..