Le grand-père du jeune Simon est très malade. Pour essayer de le sauver, Simon avale une potion magique qui le fait rétrécir à une taille microscopique lui permettant de pénétrer dans son corps. Là, il va rechercher la cause de la maladie du vieil homme. Au cours de son aventure, Simon rencontrera de nombreux personnages hauts en couleur comme la charmante Alvéole ou la redoutable Mme Bile....