L'histoire se déroule 10 ans avant la série principale, pendant l'incident du Lost Christmas. Le personnage principal, nommé Scrooge, a fait l'objet de nombreuses expériences au cours des dernières années, ainsi que beaucoup d'autres. Lors d'un exercice, il entre en contact avec Carol, une autre sujet de tests, et décident de s'évader ensemble. Segai Waltz Makoto ainsi qu'un trio d'assassins nommé GHOST sont alors chargé de les attraper. Peu de temps après ils rencontrent une fille qui s'appelle Présent, qui semble étroitement liée à Scrooge et Carol..